《太空熊猫历险记》动画大电影主要讲述宇宙中熊猫星球的太空熊猫为了保护熊猫星球与黑暗宇宙的天狼鼠大战，宇宙爆炸后意外闯入地球，并结识地球上的小泰、小尚和基因宝贝六福星。基因宝贝们为了挽救太空熊猫一起穿越时空，跨越金木水火土五个空间，大战黑精鼠和五大鼠王，最终获得胜利，告别基因宝贝六福星返回熊猫星球。