《龙的牙医》故事发生在一个架空的世界，在龙之国传说中龙与人类签订了契约互帮互助，主角是专门帮国家守护神龙清理蛀牙菌的新人牙医野乃子（野ノ子），龙之国目前正在处于和敌国的战争中而且战争日趋激烈，某天野乃子在龙的巨大牙齿上发现了晕倒的敌国少年兵，少年的名字叫贝尔，而野乃子将这名少年当做龙的牙医捡了回来。